29 grudnia 2005 r. LOTOS Kolej otrzymała certyfikat Zintegrowanego Systemu Zarządzania obejmujący wymagania trzech systemów:

• zarządzania jakością zgodnego z normą PN-EN ISO 9001,
• zarządzania środowiskowego zgodnego z normą PN-EN ISO 14001,
• zarządzania bezpieczeństwem i higieną pracy zgodnego z normą PN-N-18001.

19 października 2009 r. Spółka otrzymała Certyfikat Bezpieczeństwa Część A, natomiast 4 listopada 2010 r.  Certyfikat Bezpieczeństwo Część B – certyfikat potwierdzający akceptację systemu zarządzania bezpieczeństwem na terenie Unii Europejskiej zgodnie z dyrektywą 2004/49/WE oraz właściwymi przepisami krajowymi.